Evaluation of pathogen from the FilmArray meningitis/encephalitis panel and recommendations on atypical findings / Avaliação do patógeno do painel de meningite/encefalite FilmArray e recomendações sobre achados atípicos

Abstract Background Infectious meningoencephalitis is a potentially fatal clinical condition that causes inflammation of the central nervous system secondary to the installation of different microorganisms. The FilmArray meningitis/encephalitis panel allows the simultaneous detection of 14 pathogens with results in about one hour. Objective This study is based on retrospectively evaluating the implementation of the FilmArray meningitis/encephalitis panel in a hospital environment, highlighting the general results and, especially, analyzing the consistency of the test results against the clinical and laboratory conditions of the patients. Methods Data were collected through the results reported by the BioFire FilmArray system software from the meningitis/encephalitis panel. The correlated laboratory tests used in our analysis, when available, included biochemical, cytological, direct and indirect microbiological tests. Results In the analyzed period, there were 496 samples with released results. Of the total of 496 samples analyzed, 88 (17.75%) were considered positive, and 90 pathogens were detected, and in 2 of these (2.27%) there was co-detection of pathogens. Viruses were the agents most frequently found within the total number of pathogens detected. Of the 496 proven samples, 20 (4.03%) were repeated, 5 of which were repeated due to invalid results, 6 due to the detection of multiple pathogens and 9 due to disagreement between the panel results and the other laboratory tests and/or divergence of the clinical-epidemiological picture. Of these 20 repeated samples, only 4 of them (20%) maintained the original result after repeating the test, with 16 (80%) being non-reproducible. The main factor related to the disagreement of these 16 samples during retesting was the detection of bacterial agents without any relationship with other laboratory tests or with the patients' clinical condition. Conclusion In our study, simply reproducing tests with atypical results from the FilmArray meningitis/encephalitis panel proved, in most cases, effective and sufficient for interpreting these results.

Resumo Antecedentes A meningoencefalite infecciosa é uma condição clínica potencialmente fatal que causa inflamação do sistema nervoso central secundária à instalação de diversos microrganismos. O painel de meningite/encefalite FilmArray permite a detecção simultânea de 14 patógenos, com resultados em cerca de uma hora. Objetivo Este estudo baseia-se em avaliar retrospectivamente a implementação do painel de meningite/encefalite FilmArray em ambiente hospitalar, destacando os resultados gerais e, principalmente, analisando a consistência dos resultados do teste frente às condições clínicas e laboratoriais dos pacientes. Métodos Os dados foram coletados por meio dos resultados relatados pelo software do sistema BioFire FilmArray do painel de meningite/encefalite. Os exames laboratoriais correlacionados utilizados em nossa análise, quando disponíveis, incluíram exames bioquímicos, citológicos, microbiológicos diretos e indiretos. Resultados No período analisado, foram 496 amostras com resultados divulgados. Do total de 496 amostras analisadas, 88 (17,75%) foram consideradas positivas e 90 patógenos foram detectados, sendo que em duas destas (2,27%) houve codetecção de patógenos. Os vírus foram os agentes mais frequentemente encontrados dentro do total de patógenos detectados. Das 496 amostras analisadas, 20 (4,03%) foram repetidas, sendo 5 repetidas por resultado inválido, 6 pela detecção de múltiplos patógenos e 9 por discordância dos resultados do painel com os demais exames laboratoriais e/ou divergência do quadro clínico-epidemiológico. Destas 20 amostras repetidas, apenas 4 delas (20%) mantiveram o resultado original após a repetição do teste, sendo 16 (80%) não reprodutíveis. O principal fator relacionado à discordância destas 16 amostras na retestagem foi a detecção de agentes bacterianos sem qualquer relação com os demais exames laboratoriais ou com o quadro clínico dos pacientes. Conclusão Em nosso estudo, a simples repetição dos testes com resultados atípicos do painel de meningite/encefalite FilmArray mostrou-se, na maior dos casos, efetiva e suficiente para a interpretação destes achados.

Performance of the dipstick screening test as a predictor of negative urine culture / Desempenho da fita de urina como resultado presuntivo para cultura de urina negativa

ABSTRACT Objective To investigate whether the urine dipstick screening test can be used to predict urine culture results. Methods A retrospective study conducted between January and December 2014 based on data from 8,587 patients with a medical order for urine dipstick test, urine sediment analysis and urine culture. Sensitivity, specificity, positive and negative predictive values were determined and ROC curve analysis was performed. Results The percentage of positive cultures was 17.5%. Nitrite had 28% sensitivity and 99% specificity, with positive and negative predictive values of 89% and 87%, respectively. Leukocyte esterase had 79% sensitivity and 84% specificity, with positive and negative predictive values of 51% and 95%, respectively. The combination of positive nitrite or positive leukocyte esterase tests had 85% sensitivity and 84% specificity, with positive and negative predictive values of 53% and 96%, respectively. Positive urinary sediment (more than ten leukocytes per microliter) had 92% sensitivity and 71% specificity, with positive and negative predictive values of 40% and 98%, respectively. The combination of nitrite positive test and positive urinary sediment had 82% sensitivity and 99% specificity, with positive and negative predictive values of 91% and 98%, respectively. The combination of nitrite or leukocyte esterase positive tests and positive urinary sediment had the highest sensitivity (94%) and specificity (84%), with positive and negative predictive values of 58% and 99%, respectively. Based on ROC curve analysis, the best indicator of positive urine culture was the combination of positives leukocyte esterase or nitrite tests and positive urinary sediment, followed by positives leukocyte and nitrite tests, positive urinary sediment alone, positive leukocyte esterase test alone, positive nitrite test alone and finally association of positives nitrite and urinary sediment (AUC: 0.845, 0.844, 0.817, 0.814, 0.635 and 0.626, respectively). Conclusion A negative urine culture can be predicted by negative dipstick test results. Therefore, this test may be a reliable predictor of negative urine culture.

RESUMO Objetivo Verificar se a triagem de urina por fitas reativas é capaz de predizer a cultura de urina. Métodos Estudo retrospectivo realizado entre janeiro e dezembro de 2014 com 8.587 pacientes, com solicitação médica de triagem de urina (fita), sedimento urinário e cultura de urina. Foram analisados sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo, valor preditivo negativo e curva ROC. Resultados Foram positivas 17,5% das culturas. O nitrito apresentou sensibilidade de 28% e especificidade de 99%. O valor preditivo positivo foi de 89% e o valor preditivo negativo de 87%. Esterase apresentou sensibilidade de 79% e especificidade de 84%. Valor preditivo positivo e valor preditivo negativo foram de 51% e 95%, respectivamente. A combinação de nitrito ou esterase positivos apresentou sensibilidade de 85% e especificidade de 84%. Valor preditivo positivo e valor preditivo negativo foram, respectivamente, 53% e 96%. O sedimento positivo (mais de dez leucócitos por microlitro) apresentou sensibilidade de 92% e especificidade de 71%. O valor preditivo positivo foi 40% e o negativo, 98%. A combinação de nitrito e sedimento urinário positivos apresentou sensibilidade de 82% e especificidade de 99%. Os valores preditivos positivo e negativo foram 91% e 98%, respectivamente. Para o nitrito ou esterase positivos mais os leucócitos positivos, a sensibilidade foi de 94% e a especificidade de 84%. O valor preditivo positivo foi de 58% e o negativo foi de 99%. Com base na curva ROC, o melhor indicador de urocultura positiva foi a associação entre a esterase ou nitrito positivos na fita mais os leucócitos positivos no sedimento, seguido por nitrito e esterase positivos, sedimento urinário positivo isolado, esterase positiva isolada, nitrito positivo isolado e, finalmente, pela associação entre nitrito e sedimento urinário positivos (AUC: 0,845, 0,844, 0,817, 0,814, 0,635 e 0,626, respectivamente). Conclusão Uma urocultura negativa pode ser prevista com resultados negativos na fita. Portanto, este teste pode ser um preditor confiável de urocultura negativa.

Risk factors for mortality in ventilator-associated tracheobronchitis: a case-control study / Fatores de risco para mortalidade em traqueobronquite associada à ventilação mecânica: estudo caso-controle

ABSTRACT Objective To describe the microbiological characteristics and to assess the risk factors for mortality of ventilator-associated tracheobronchitis in a case-control study of intensive care patients. Methods This case-control study was conducted over a 6-year period in a 40-bed medical-surgical intensive care unit in a tertiary care, private hospital in São Paulo, Brazil. Case patients were identified using the Nosocomial Infection Control Committee database. For the analysis of risk factors, matched control subjects were selected from the same institution at a 1:8.8 ratio, between January 2006 and December 2011. Results A total of 40 episodes of ventilator-associated tracheobronchitis were evaluated in 40 patients in the intensive care unit, and 354 intensive care patients who did not experience tracheobronchitis were included as the Control Group. During the 6-year study period, a total of 42 organisms were identified (polymicrobial infections were 5%) and 88.2% of all the microorganisms identified were Gram-negative. Using a logistic regression model, we found the following independent risk factors for mortality in ventilator-associated tracheobronchitis patients: Acute Physiology and Chronic Health Evaluation I score (odds ratio 1.18 per unit of score; 95%CI: 1.05-1.38; p=0.01), and duration of mechanical ventilation (odds ratio 1.09 per day of mechanical ventilation; 95%CI: 1.03-1.17; p=0.004). Conclusion Our study provided insight into the risk factors for mortality and microbiological characteristics of ventilator-associated tracheobronchitis.

RESUMO Objetivo Descrever as características microbiológicas e avaliar os fatores de risco para mortalidade na traqueobronquite associada à ventilação mecânica em um estudo caso-controle de pacientes de terapia intensiva. Métodos Estudo realizado ao longo de 6 anos em uma unidade de terapia intensiva médico-cirúrgica de 40 leitos, em um hospital privado e de nível terciário em São Paulo, Brasil. O Grupo Caso foi identificado usando o banco de dados da Comissão de Controle de Infecção Hospitalar. O Grupo Controle foi pareado na proporção de 1:8,8 entre janeiro de 2006 e dezembro de 2011. Resultados Quarenta episódios de traqueobronquites associadas à ventilação foram avaliados em 40 pacientes na unidade de terapia intensiva, e 354 pacientes não apresentaram traqueobronquite Grupo Controle. Foram identificados 42 microrganismos (dos quais 5% foram infecções polimicrobianas), sendo que 88,2% de todos os microrganismos eram bactérias Gram-negativas. Usando um modelo de regressão logística, encontramos os seguintes fatores de risco independentes para mortalidade em pacientes com traqueobronquites associadas à ventilação: pontuação da Acute Physiology and Chronic Health Evaluation I (odds ratio 1,18 por uma unidade de pontuação; IC95%: 1,05-1,38; p=0,01) e duração da ventilação mecânica (odds ratio 1,09 por dia de ventilação mecânica; IC95%: 1,03-1,17; p=0,004). Conclusão Nosso estudo forneceu informações sobre os fatores de risco para mortalidade e características microbiológicas da traqueobronquite associada à ventilação mecânica.

Rothia aeria endocarditis in a patient with a bicuspid aortic valve: case report

Rothia aeria is an uncommon pathogen mainly associated with endocarditis in case reports. In previous reports, endocarditis by R. aeria was complicated by central nervous system embolization. In the case we report herein, endocarditis by R. aeria was diagnosed after acute self-limited diarrhea. In addition to the common translocation of R. aeria from the oral cavity, we hypothesize the possibility of intestinal translocation. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and genetic sequencing are important tools that can contribute to early and more accurate etiologic diagnosis of severe infections caused by Gram-positive rods.

Ochrobactrum anthropi bacteremia in a preterm infant with cystic fibrosis

Ochrobactrum anthropi infection in newborn patients is rare, and the treatment is challenging because of its widespread and unpredictable resistance to antimicrobial agents and discrepancies between in vitro susceptibility and in vivo efficacy. We report the clinical and microbiological characteristics of Ochrobactrum anthropi bacteremia in a preterm patient.

SeptiFast for diagnosis of sepsis in severely ill patients from a Brazilian hospital / Uso do SeptiFast para diagnóstico de sepse em doentes graves de um hospital brasileiro

Objective To test and validate a multiplex real-time polymerase chain reaction method for bloodstream infections, as well as to compare the results with conventional blood culture. Methods A total of 114 consecutive patients with clinical evidence of sepsis were submitted to blood culture and LightCycler™ SeptiFast tests. Results More positive specimens (23; 20.2%) were detected using the LightCycler™ SeptiFast than the blood culture (17; 14.9%), with an agreement of 86.8%. Discordant results were seen in four patients positive only to blood culture, ten positive only to LightCycler™ SeptiFast and one to different pathogens found by each test. Infections with microorganisms detected only using blood culture reassured the need to perform both tests. The mean time to results for blood culture was 5 days for negative and 3.5 days for positive results. LightCycler™ SeptiFast results were achieved in less than 8 hours. Conclusion LightCycler™ SeptiFast showed a high potential as a test to be carried out concomitantly with blood culture for sepsis diagnosis in severely ill patients. This test allowed a faster diagnosis of bacterial and fungal infections that helped to reduce hospital stay and to control the use of antibiotics. LightCycler™ SeptiFast can also eventually detect microorganism and infections that are hardly detected by blood culture, especially Candida non-albicans infections. .

Objetivo Testar e validar um método molecular multiplex para detecção de infecções sanguíneas, além de comparar os resultados com os obtidos pela hemocultura convencional. Métodos Os testes de hemocultura e o LightCycler® SeptiFast foram realizados em 114 pacientes consecutivos com evidência clínica de sepse. Resultados Mais amostras positivas (23; 20,2%) foram detectadas pelo LightCycler® SeptiFast do que pela hemocultura (17; 14,9%), mostrando concordância de 86,8%. Os resultados discordantes foram de quatro pacientes positivos apenas para hemocultura, dez positivos apenas para LightCycler® SeptiFast e um com patógenos diferentes encontrados em cada método. Infecções por micro-organismos não reconhecidos pelo LightCycler® SeptiFast e detectados apelas pela hemocultura confirmam a necessidade da realização dos dois métodos. O tempo médio para os resultados da hemocultura foi de 5 dias para amostras negativas e de 3,5 dias para as positivas. Os resultados pelo LightCycler® SeptiFast foram obtidos em menos de 8 horas. Conclusão O LightCycler® SeptiFast mostrou ser um teste de grande potencial para ser realizado simultaneamente à hemocultura para diagnóstico de sepse em doentes graves, permitindo um diagnóstico mais rápido de infecções por bactérias e fungos e, dessa forma, auxiliando a redução do tempo de hospitalização e racionalização do uso de antibióticos. Eventualmente, o LightCycler® SeptiFast pode detectar inclusive infecções por micro-organismos dificilmente detectáveis via hemocultura, especialmente aquelas causadas por Candida não albicans. .

Susceptibility rates in Latin American nations: report from a regional resistance surveillance program (2011)

OBJECTIVE: To establish a resistance (R) surveillance program monitoring antimicrobial susceptibility patterns in Latin America (LATAM; Argentina [ARG], Brazil [BRA], Chile, Colombia [CBA], Costa Rica, Ecuador [ECU], Guatemala [GUA], Mexico [MEX], Panama [PAN], Peru, and Venezuela [VEN]). METHODS: In 2011, 4979 organisms were collected from 11 nations (20 laboratories) for susceptibility testing in a central laboratory design. Antimicrobials were tested by CLSI methods and results interpreted by CLSI and EUCAST breakpoints. Most common Gram-positive (Staphylococcus aureus [SA, 921], other staphylococci [CoNS; 299], enterococci [218], Streptococcus pneumoniae [SPN; 182], β-haemolytic streptococci [115]) and Gram-negative (E. coli [EC; 644], Klebsiella spp. [KSP; 517], Enterobacters [272], Pseudomonas aeruginosa [PSA; 586], Acinetobacters [ACB; 494]) pathogens were analyzed against linezolid (LZD), vancomycin (VAN), tigecycline (TIG), colistin (COL), cefoperazone/sulbactam (C/S), and amikacin (AMK). RESULTS: MRSA rates varied from 29% (CBA, BRA) to 79% (Peru); but LZD (MIC90, 2 mg/L), TIG (MIC90, 0.12mg/L) and VAN (MIC90, 1mg/L) covered all strains. Enterococci showed a 14% VRE rate, highest in BRA and MEX; all inhibited by TIG and daptomycin, but not LZD (three non-susceptible with G2576T mutations or cfr). Penicillin-R among SPN and viridans streptococci was 51.6 and 41.1%, respectively. LZD overall R against Gram-positives was 0.3%. High ESBL rates were observed in EC (54-71%) and KSP (>50%) from GUA, MEX and Peru, and six nations, respectively. Carbapenem-R in KSP was 9%, highest rates associated with KPC in BRA, CBA, ECU, PAN and VEN; also a NDM-1 in KSP from CBA. AMK, TIG, C/S and carbapenems were the broadest-spectrum agents tested against Enterobacteriaceae. Only COL inhibited >90% of PSA; COL and TIG (<2 mg/L) covered >85% of ACB. CONCLUSIONS: LATAM nations demonstrated variable levels of antimicrobial R especially among Enterobacteriaceae (β-lactamase-mediated), PSA and ACB. MRSA (48%), VRE (14%) and multidrug-R SPN were also regional therapeutic challenges.

MALDI-TOF MS in the clinical microbiology laboratory / MALDI-TOF MS no laboratório de microbiologia clínica

Traditional methods for microbial identification are often very laborious and time consuming. A new mass spectrometry based technique, matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF), has been described as a rapid, practical and low-cost method for this purpose. In this article, primary and possible future applications of this tool are briefly discussed.

Os métodos tradicionais para identificação de microrganismos no laboratório clínico muitas vezes são trabalhosos e demorados. Uma nova metodologia, com base em espectrometria de massas, a matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF), é extremamente promissora para utilização na rotina microbiológica, sendo rápida, prática e pouco custosa. Neste artigo, são expostas, de forma breve, as principais aplicações atuais do método, assim como as perspectivas futuras.

Ertapebem disk performance to predict Klebsiella pneumoniae carbapenemase produced by Gram-negative bacilli isolated in a São Paulo city public hospital / Desempenho do disco de ertapenem como preditor da produção de Klebsiella pneumoniae carbapenemase por bacilos Gram-negativos isolados de culturas em um hospital municipal de São Paulo

OBJECTIVE: To evaluate ertapenem disk performance to predict Klebsiella pneumonie carbapenemase production by Gram-negative bacilli. METHODS: All Gram-negative bacilli isolated between January 2010 and June 2011 were tested by disk diffusion (OxoidTM) for sensitivity to ertapenem, meropenem and imipenem. Resistant or intermediate sensitivity strains (diameter <22 mm for ertapenem) were also tested for the blaKPC gene by polymerase chain reaction. Disk predictive positive value for Klebsiella pneumoniae carbapenemase and specificity were calculated. RESULTS: Out of the 21839 cultures performed, 3010 (13.78%) were positive, and Gram-negative bacilli were isolated in 708 (23.52%) of them. Zone of inhibition diameter for ertapenem disk was <22 mm for 111 isolates, representing 15.7% of all Gram-negative isolates. The PCR assay for blaKPC detected 40 Klebsiella pneumoniae carbapenemase-producing strains. No strains intermediate or resistant to meropenem and imipenem were sensitive to ertapenem. The ertapenem disk presented a positive predictive value of 36% to predict blaKPC and 89% specificity. CONCLUSION: The resistance of Gram-negative bacilli detected by disk diffusion against ertapenem does not predict Klebsiella pneumoniae carbapenemase production. Other mechanisms, such as production of other betalactamases and porin loss, may be implicated. The need to confirm the presence of the blaKPC is suggested. Therefore, ertapenem was a weak predictor for discriminating strains that produce Klebsiella pneumoniae carbapenemase.

OBJETIVO: Avaliar o desempenho do disco de ertapenem para predizer micro-organismos produtores de Klebsiella pneumoniae carbapenemase. MÉTODOS: Bacilos Gram-negativos isolados em cultura entre janeiro de 2010 e junho de 2011 foram testados por disco-difusão (OxoidTM) para ertapenem, meropenem e imipenem. As cepas consideradas intermediárias ou resistentes (halo<22mm) para ertapenem foram encaminhadas para a pesquisa do blaKPC por reação em cadeia da polimerase. Calcularam-se o valor preditivo positivo e a especificidade do disco. RESULTADOS: Foram realizadas 21.839 culturas nesse período, sendo 3.010 (13,78%) positivas. Bacilos Gram-negativos foram isolados em 708 (23,52%) destas. A zona de inibição do disco de ertapenem foi <22mm para 111 (15,67%) dos isolados. A pesquisa do blaKPC caracterizou 40 cepas produtoras de Klebsiella peneumoniae carbapenemase. Não houve nenhum caso de disco intermediário ou resistente para meropenem ou imipenem com ertapenem sensível. O valor preditivo positivo foi de 36% e a especificidade calculada do disco de ertapenem para produção de Klebsiella pneumoniae carbapenemase foi de 89% em nosso serviço. CONCLUSÃO: A resistência ao disco de ertapenem não define bacilo produtor de Klebsiella pneumoniae carbapenemase. Mecanismos, como produção de outras betalactamases e perda de porinas, podem estar implicados. Sugerese a necessidade da confirmação da presença do gene blaKPC. O ertapenem, portanto, mostrou-se fraco preditor para discriminar cepas produtoras de Klebsiella pneumoniae carbapenemase.

Estudo comparativo de detecção de metapneumovírus humano pelos métodos de PCR e imunofluorescência direta / Comparative study of human metapneumovirus detection by PCR and direct immunofluorescence methods

INTRODUÇÃO: O metapneumovírus humano (MPVh) causa infecções respiratórias em crianças, adultos e idosos imunodeprimidos. O diagnóstico é realizado por imunofluorescência (IF) ou biologia molecular. OBJETIVO: Detectar o MPVh em amostras clínicas pelos métodos de reação em cadeia da polimerase (PCR) e imunofluorescência direta (IFD). RESULTADOS: Das 202 amostras, a positividade foi de 2 por cento e 4 por cento para IFD e RT-PCR, respectivamente. Sensibilidade e especificidade da IFD foram de 50 por cento e 100 por cento, respectivamente, considerando o PCR com transcrição reversa (RT-PCR) como padrão-ouro. CONCLUSÃO: O estudo indica a RT-PCR como o melhor método para a identificação de MPVh em amostras clínicas respiratórias e mostra a importância da padronização do teste para inclusão na rotina laboratorial.

INTRODUCTION: Human metapneumovirus (HMPV) is responsible for respiratory infections in children and immunocompromised adults and elders. It is commonly diagnosed by immunofluorescence or molecular biology. OBJECTIVE: To detect HMPV in clinical samples by polymerase chain reaction (PCR) and direct imunofluorescence (DIF) methods. RESULTS: Two percent of 202 samples were positive for DIF and 4 percent of them for reverse transcriptase PCR (RT-PCR), respectively. Considering RT-PCR as gold standard, DIF sensitivity and specificity were 50 percent and 100 percent, respectively. CONCLUSION: Not only does the study show that RT-PCR is the best method for HMPV detection in clinical respiratory samples but it also substantiates the importance of test standardization in laboratory routine.

Prevalence of upper respiratory tract infections at a tertiary care hospital in the city of São Paulo / Prevalência das infecções de vias aéreas superiores em um hospital terciário na cidade de São Paulo

Objective: To evaluate the prevalence of pathogens in the upper respiratory tract according to age at a tertiary care hospital in the city of São Paulo. Methods: A total of 6,144 biological material tests from upper respiratory airways were analyzed: 740 bacterial cultures, 726 virus screenings and 4,678 rapid tests for S. pyogenes. Results: The most frequently found etiological agent was respiratory syncytial virus (29.6%; 215/726). The main agents detected per age groups were: respiratory syncytial virus (25.34%; 184/726) in patients aged 28 days-3 years; S. pyogenes (9.5%; 70/740) in 3-12 year-old children; influenza virus (8.8%; 64/726) in adults (18-59 years). Conclusions: The etiologic agents of upper respiratory infections vary according to age and imply diverse clinical and therapeutic management.

Objetivo: Avaliar a prevalência de patógenos das vias aéreas superiores em relação à faixa etária de pacientes atendidos em um hospital terciário da cidade de São Paulo. Métodos: Foram analisados 6.144 exames de materiais biológicos provenientes das vias aéreas superiores, sendo 740 de cultura bacteriana, 726 de triagem de vírus e 4.678 provas rápidas para S. pyogenes. Resultados: O agente etiológico com maior frequência nas infecções de vias aérea superiores foi o vírus sincicial respiratório, com 29,6% (215/726). Os principais agentes detectados por faixa etária foram: vírus sincicial respiratório em 25,34% (184/726) dos exames de pacientes com faixa etária entre 28 dias a 3 anos; S. pyogenes, com 9,5% (70/740) na fase da infância (3 a 12 anos); vírus influenza, com 8,8% (64/726) detectados na fase adulta (18 a 59 anos). Conclusões: Os agentes etiológicos das infecções de vias aéreas superiores variam de acordo com a faixa etária do paciente, o que resulta em uma conduta clínica e laboratorial diferenciada.

Diagnóstico de infecção por Candida: avaliação de testes de identificação de espécies e caracterização do perfil de suscetibilidade / Candida infection diagnosis: evaluation of Candida species identification and characterization of susceptibility profile

INTRODUÇÃO: Infecções invasivas provocadas por Candida são importantes causas de morbidade e mortalidade. O sucesso do tratamento dessas infecções depende da identificação da espécie e do padrão de sensibilidade aos antifúngicos. Portanto, diagnóstico rápido e específico é fundamental para a precoce introdução de terapêutica adequada. OBJETIVOS: Avaliar diferentes métodos diagnósticos de determinação de espécies de Candida e caracterizar, entre as espécies identificadas, o padrão de sensibilidade aos diferentes antifúngicos. MATERIAL E MÉTODOS: A identificação das espécies de Candida presentes em amostras de diferentes materiais biológicos foi realizada pelo cultivo em CHROMagar® Candida e pela técnica de reação em cadeia da polimerase tipo Nested (N-PCR). O padrão de sensibilidade das amostras foi avaliado pela utilização de Etest®. RESULTADO: CHROMagar® caracterizou 50 por cento das amostras como Candida albicans; 20,8 por cento, Candida tropicalis; 2,4 por cento, Candida krusei e 26,9 por cento, outras espécies (não determinadas). As cepas de C. albicans e C. tropicalis foram caracterizadas por CHROMagar® e N-PCR. Porém cepas de outras espécies, indeterminadas em CHROMagar®, caracterizaram-se como C. parapsilosis em N-PCR. Cepas de C. krusei e C. tropicalis apresentaram perfil de resistência a, respectivamente, fluconazol e 5-fluocitosina. Quanto ao itraconazol, observou-se padrão de resistência em cepas de C. albicans e C. tropicalis. DISCUSSÃO: As técnicas metodológicas utilizadas são de fácil reprodutibilidade e alta especificidade, fornecendo diagnóstico complementar, e o emprego do Etest® viabiliza a precoce introdução de tratamento específico. CONCLUSÃO: O crescente aparecimento de espécies de Candida resistentes aos azólicos confirma a importância de monitorar possíveis mudanças na distribuição das espécies patogênicas e dos padrões de sensibilidade.

BACKGROUND: Invasive infections by Candida are an important cause of morbidity and mortality. The successful treatment of these infections depends on the identification of the species and on the sensitivity pattern to antifungal agents. A quick and specific diagnosis is essential to introduce appropriate therapy. OBJECTIVES: Assess different diagnostic methods to determine Candida species and evaluate the sensitivity pattern to different antifungal agents among the identified ones. MATERIAL AND METHODS: The identification of Candida species present in samples of different biological materials was conducted through CHROMagar® Candida culture and Nested-PCR. The sensitivity pattern was assessed using Etest®. RESULTS: The culture of samples on CHROMagar® revealed 50 percent Candida albicans, 20.8 percent Candida tropicalis, 2.4 percent Candida krusei, and 26.9 percent other undetermined species. Samples of Candida albicans and Candida tropicalis were identified through CHROMagar® and N-PCR. Species that were not determined through CHROMagar® were characterized as Candida parapsilosis by N-PCR. Resistance to fluconazole, 5-fluocytosine was detected, respectively, in Candida krusei and Candida tropicalis samples. Both Candida albicans and Candida tropicalis samples showed resistance to itraconazole. DISCUSSION: The methods applied are easily reproducible and highly specific, which allows complementary diagnosis. The determination of the susceptibility profile by Etest® enables the early introduction of specific treatment. CONCLUSION: The growing appearance of Candida species resistant to azole confirms the importance of monitoring possible changes in the distribution of pathogenic species and in the sensitivity pattern.

Staphylococcus cohnii spp urealyticus: relato de caso de um patógeno incomum / Staphylococcus cohnii spp urealyticus: case report on an uncommon pathogen

Staphylococcus coagulase negativos tem surgido como importantes agentes em infecções de pacientes hospitalizados. Neste estudo, relatamos o caso de bacteremia associada a cateter venoso central devido a Staphylococcus cohnii spp urealyticus isolado em hemocultura de um paciente do sexo masculino, 53 anos, internado em hospital geral da cidade de São Paulo. Discutimos nesse relato a dificuldade em identificar rotineiramente esse microrganismo no Laboratório de Microbiologia Clínica. Staphylococcus cohnii spp urealyticus é um microrganismo encontrado na pele dos seres humanos como parte da microbiota normal, podendo em algumas situações causar sérias infecções em humanos.

Coagulase-negative Staphylococcus has emerged as an important agent in nosocomial infections. In this study, we report a case of bacteremia associated with a central venous catheter, caused by Staphylococcus cohnii spp urealyticus that was isolated in blood cultures from a 53-year-old male patient who was admitted to a general hospital in the city of São Paulo. We discuss in this report the difficulty in routinely identifying this microorganism in the clinical microbiology laboratory. Staphylococcus cohnii spp urealyticus is a microorganism found in human skin as part of the normal microbiota, and it can cause serious infections in humans, in some situations.

Laboratory detection methods for methicillin resistance in coagulase negative Staphylococcus isolated from ophthalmic infections

PURPOSE: To evaluate different methods of oxacillin susceptibility testing of ocular isolates, considering polymerase chain reaction (PCR) as the 'gold standard', and to compare the in vitro susceptibility to oxacillin with that of other antimicrobials used in ophthalmologic practice. METHODS: The Vitek gram-positive identification card was used to identify ocular coagulase negative Staphylococcus species. The presence of the mecA gene was determined by the polymerase chain reaction assay with a combination of two primer sets (mecA and 16S rRNA) in a single region. Results were analyzed and compared with other oxacillin susceptibility methods: PBP2a detection by rapid slide latex agglutination test (SLA); oxacillin E-test; the Vitek automated gram-positive susceptibility card (GPS-105); the oxacillin salt agar screening test (OSAS) at a concentration of 6.0, 1.0 and 0.75 æg oxacillin per ml and the cefoxitin disk diffusion test (CDD). Automated susceptibility was also determined to other antimicrobial agents (fluoroquinolones, penicillin G, amoxicillin-ampicillin, cefazolin, ampicillin-sulbactam, erythromycin, clindamycin, gentamicin, tetracycline, trimethoprim-sulfamethoxazole, vancomycin and rifampin. RESULTS: Of the 69 CoNS isolates tested, 71 percent were mecA-positive and 29 percent mecA-negative. All methods tested had a statistically significant agreement with polymerase chain reaction. There was a tendency of positive polymerase chain reaction predomination among the S. epidermidis isolates in comparison to non-epidermidis isolates, although this was not statistically significant (78.3 percent vs. 56.5 percent; chi2= 2.54; P= 0.11). The oxacillin salt agar screening test (0.75 æg oxacillin/ml) showed the best performance, with 100 percent sensitivity and negative predictive value; 95 percent specificity and 98 percent positive predictive value. Using the E-test, the mecA-positive isolates were statistically significantly more...

OBJETIVOS: Avaliar os diferentes métodos de suscetibilidade à oxacillina, em isolados oculares, considerando a reação em cadeia da polimerase (PCR) como "padrão-ouro" e comparar a suscetibilidade in vitro para outros antimicrobianos de uso oftalmológico. MÉTODOS: O sistema automatizado Vitek foi utilizado para identificar as diferentes espécies de Staphylococcus coagulase negativo (SCoN). A presença do gene mecA foi determinado pela reação em cadeia da polimerase com a combinação de 2 "primer" sets (mecA e 16S rRNA) em uma única região. Estes resultados foram analisados e comparados com outros métodos de suscetibilidade à oxacilina: detecção da proteína PBP2a pelo teste de aglutinação em látex (SLA); E-test oxacilina; o sistema automatizado Vitek (GPS-105); o teste de triagem em ágar (OSAS) com oxacilina nas concentrações de 6,0, 1,0 e 0,75 æg oxacilina por ml e o teste de disco difusão com cefoxitina (CDD). A suscetibilidade automatizada foi obtida para os seguintes agentes antimicrobianos: fluorquinolonas, penicilina G, amoxicilina-ampicilina, cefazolina, ampicilina-sulbactam, eritromicina, clindamicina, gentamicina, tetraciclina, sulfametoxazol-trimetoprima, vancomicina e rifampicina. RESULTADOS: Dos 69 Staphylococcus coagulase negativo testados, 71 por cento foram mecA-positivos e 29 por cento, mecA-negativos. Todos os métodos testados apresentaram concordância estatisticamente significante com a reação em cadeia da polimerase. Houve tendência à predominância da positividade da reação em cadeia da polimerase entre os S. epidermidis comparado aos não-epidermidis, embora sem significância estatistica (78,3 por cento vs. 56,5 por cento; chi2= 2,54; p=0,11). O teste de triagem em ágar (0,75 æg oxacilina/ml) apresentou a melhor performance com resultados de: 100 por cento de sensibilidade e valor preditivo negativo, 95 por cento de especificidade e 98 por cento de valor preditivo positivo. Os isolados mecA-positivos foram estatisticamente...